Есть подозрение, что ошибки содержатся в утилите AC Uninstall.
У меня перед этим была установлена версия 6.44, потом запустил AC Uninstall и далее установил 6.45. И вот тут как раз и начали вылезать окна с сообщениями.
Сегодня удалил 6.45 через uninstall, но окна EClassNotFound все равно остались. Уже на всех проектах подряд, вообще без участия AC.
Поэтому переустановил Delphi и поставил 6.45 с нуля.